سیامک یوسفی سیاه کلرودی؛ سمانه فدایی؛ فریده چناری؛ شادی خاتمی
چکیده
سابقه و هدف: بررسی تنوع ژنتیکی ابزار موثری در حفظ ژنتیکی گونه های پراهمیت، با ارزش و همچنین گونه های کمیاب در معرض خطر انقراض می باشد. با توجه به اینکه مطالعات، در ارتباط با گونه های خرچنگ های آب شیرین در ایران بسیار اندک است و از نظر حفاظتی توجه چندانی به آنها صورت نگرفته است. این مطالعه به بررسی تنوع ژنتیکی خرچنگ ...
بیشتر
سابقه و هدف: بررسی تنوع ژنتیکی ابزار موثری در حفظ ژنتیکی گونه های پراهمیت، با ارزش و همچنین گونه های کمیاب در معرض خطر انقراض می باشد. با توجه به اینکه مطالعات، در ارتباط با گونه های خرچنگ های آب شیرین در ایران بسیار اندک است و از نظر حفاظتی توجه چندانی به آنها صورت نگرفته است. این مطالعه به بررسی تنوع ژنتیکی خرچنگ حقیقی Potamon elbursi در رودخانه های شرق استان تهران می پردازد. مواد و روش ها: برای بررسی تنوع درون این گونه 10 ایستگاه نمونه‌برداری در بخش های مختلف رودخانه های جاجرود، حبله رود و لار انتخاب شد و تعداد 10 نمونه از هر ایستگاه با تور دستی مورد صید قرار گرفتند، سپس نمونه ها در الکل اتانول 96 درصد تثبیت و برای انجام مرحله های بعدی به آزمایشگاه منتقل شدند. نمونه ها در ابتدا برای مطالعات ریخت شناسی توسط کلیدهای شناسایی مورد مطالعه قرار گرفتند و سپس برای بررسی های مولکولی از ژن قطعه ژنی زیر واحد یک سیتوکروم اکسیداز میتوکندری (COI) و نشانگر ریزماهواره استفاده شد. برای استخراج ژنوم از کیت استخراج DNA سیناژن استفاده گردید و کیفیت و کمیت DNA توسط بیوفتومتر و ژل آگاروز 1% درصد مورد بررسی قرار گرفت. برای شناسایی مولکولی، ژنCOI تکثیر و توالی یابی شد. سپس برای بررسی پنج جایگاه ژنی (hxx3،Gagt4،Ga1،Ga2،hxx2) از آغازگرهای ریزماهوارهای طراحی شده بر اساس ترادف DNA ژنومی خرچنگ گرد Longpotamon yangtsekienseبرای بررسی های تنوع درونگونه ای استفاده گردید. بمنظور انجام آنالیز نهایی محصولات PCR مربوط به هریک از جایگاه های ریزماهواره، این محصولات بر روی ژل اکریل آمید 8% شارژ شدند. سنجش وزن مولکولی نوارهای محصول PCR و اندازه آلل ها با استفاده از نرم افزار Lab Image v.3.3.3 و با بکارگیری تصویرهای گرفته شده از ژل پلی اکریل آمید رنگ آمیزی شده انجام شد. فراوانی آللی، هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده، تعداد آلل‌های واقعی و موثر در جایگاه‌های ریزماهوارهای، تنوع ژنتیکی و آزمون AMOVA در سطح احتمال 0.01 در نرم افزارهای Gene Alex، محاسبه گردید. درخت تبارشناختی با استفاده از نرم افزارMEGA v. 5.5 ترسیم گردید. نتایج و بحث: نتایج توالی یابی ژن COI نشان داد نمونه خرچنگهای مورد مطالعه مربوط به گونه P.elbursi می باشد که با نتایج شناسایی ریخت شناسی منطبق بود. در این مطالعه در مجموع از 5 جفت نشانگر ریزماهوارهای استفاده شد که جایگاه Ga2 با وجود بهینه سازی تکثیر نشد و دیگر جایگاه ها چند شکلی نشان دادند. جایگاه hxx2 و Ga1 با 7 آلل و جایگاه Gagt4 با 3 آلل بترتیب دارای بیشترین و کمترین تعداد آلل در بین تمام جایگاه های هتروزیگوت بودند. نتایج نشان داد که جمعیت های این گونه خرچنگ دارای تنوع درون جمعیتی اندکی می باشد. دامنه هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) در میان ایستگاه های نمونه برداری در جایگاه های چهارگانه 0.51-0.100 و دامنه هتروزیگوسیتی مورد انتظار (He) بین 0.810- 0.515 بود. در این بررسی در تمامی مناطق نمونه برداری شده و در تمامی لوکوس ها، هتروزیگوسیتی مشاهده شده نسبت به هتروزیگوسیتی قابل انتظار پایین تر بود. نتیجه گیری: شناسایی بر اساس نشانگرهای ژنتیکی برای قرار دادن صحیح گونه ها در جایگاه اصلی خود مفید بوده و م یتواند تایید کننده شناسایی های مبتنی بر ریخت شنایی باشد. کاهش هتروزیگوسیتی مشاهده شده نسبت به هتروزیگوسیتی مورد انتظار نشان دهنده کاهش در تغییرپذیری ژنتیکی نمونه ها است.
